Es la más frecuente de las miopatías congénitas benignas. Se trasmite con un patrón de herencia autosómico dominante. El gen responsable de la enfermedad se ha localizado en el cromosoma 19q13.1. En esta misma región se localiza uno de los genes responsables de la hipertermia maligna, lo que explica la mayor incidencia de este trastorno en los pacientes afectos de enfermedad por cuerpos centrales.

Los cuerpos centrales (cores) son zonas cilíndricas situadas en el centro (aunque también pueden estar en la periferia) de las fibras musculares en las que no existen mitocondrias, por lo que se detectan fácilmente cuando se utilizan marcadores de la actividad oxidativa tales como el NADH, la SDH o COX (Fig. 45). Aunque de forma menos llamativa, también son visibles con el tricrómico de Gomori. En los cortes transversales, estas estructuras pueden ser únicas y estar situadas en el centro, o bien múltiples. Utilizando una técnica de ATPasa, éstos cuerpos pueden manifestarse o no. En los llamados cuerpos estructurados se conserva la actividad ATPasa, puesto que la estructura de los sarcómeros se conserva, aunque existe una cierta pérdida de la correspondencia o desplazamiento de las líneas Z, que adoptan una estructura en zig-zag. Por el contrario, en los cuerpos no estructurados existe una completa desorganización del patrón miofibrilar, con total destrucción de las bandas, por lo que se pierde la actividad ATPasa. Los cuerpos centrales aparecen en las fibras de tipo I. Junto a estas alteraciones, suele existir un predominio de fibras de tipo I que en algunos casos puede afectar al 100% de las fibras.

Bajo este nombre se conoce un grupo heterogéneo y complejo de enfermedades que pueden afectar a distintos tejidos, además del músculo esquelético y que, en general, vienen definidas por alteraciones morfológicas y funcionales en las mitocondrias del músculo, del sistema nervioso central o de ambos tejidos. El diagnóstico de este grupo de enfermedades se basa en el conjunto de datos clínicos, alteraciones analíticas, alteraciones histopatológicas y patrones de herencia. Los datos clínicos que pueden hacer sospechar una enfermedad mitocondrial son muy diversos e incluyen retraso en el desarrollo psicomotor, desaceleración en el  crecimiento del perímetro craneal, baja estatura, convulsiones, ataxia, hipoventilación central, episodios stroke-like, sordera neurosensorial, oftalmoplegia y ptosis, retinitis pigmentaria con o sin atrofia óptica, debilidad muscular, intolerancia al ejercicio, cardiomiopatía y trastornos del sistema de conducción cardíaco, neuropatía, hepatopatía, nefropatía, lipomas múltiples, diabetes mellitus y trastornos neuropsiquiátricos. Si bien ninguno de estos datos clínicos es específico por sí mismo, la combinación de algunos puede hacer sospechar una enfermedad mitocondrial.

Son características las alteraciones histopatológicas en el músculo. Sin embargo, una biopsia muscular normal no excluye el diagnóstico. La alteración morfológica más característica es la presencia de fibras "rojo-rotas" (ragged-red) en el músculo esquelético, si bien no se encuentran en todas las enfermedades mitocondriales. Estas fibras se ponen de manifiesto con la tinción de tricrómico modificado de Gomori, que muestra la región subsarcolémica teñida de rojo, así como con marcadores de la actividad oxidativa mitocondrial como la succinodeshidrogenasa que pone de manifiesto el aumento de actividad oxidativa, también en disposición subsarcolémica, y cambios variables en el patrón miofibrilar. Además de la SDH, estos cambios pueden observarse con la tinción de NADH, y con la citocromo oxidasa, permitiendo además éste último marcador, poner de manifiesto en algunos casos, defectos en este complejo de la cadena respiratoria mitocondrial. Los cambios observados con microscopia electrónica incluyen:
1)  aumento del número de mitocondrias de características normales (miopatía pleoconial).
2) aumento de tamaño de las mitocondrias, con disposición irregular, a veces en grupos o interpuestas entre otras de tamaño normal (miopatía megaconial).
3) aumento de las crestas y distorsión de las mismas.
4)  inclusiones paracristalinas u osmofílicas en las mitocondrias. Otras alteraciones que aparecen con frecuencia son el aumento de glucógeno libre, así como la presencia de vacuolas lipídicas, ésta última de forma especialmente llamativa en las denominadas miopatías lipídicas tales como las alteraciones de la beta-oxidación de los ácidos grasos.

Tal como se ha mencionado anteriormente, estas alteraciones morfológicas no son específicas ni suficientes para establecer el diagnóstico de una enfermedad mitocondrial. La presencia de fibras "rojo-rotas" junto a las alteraciones ultraestructurales mencionadas suelen aparecer en alteraciones de la cadena respiratoria mitocondrial, o del acoplamiento oxidación-fosforilación, pero no en  alteraciones en las que existe una anomalía en la utilización de los sustratos, como el déficit de carnitin-palmitoil-transferasa. Por otra parte, pueden aparecer alteraciones mitocondriales como las descritas (tanto con microscopia óptica como electrónica) en enfermedades tan diversas como distrofias musculares, miopatía facio-escápulo-humeral, polimiositis, dermatomiositis, miositis por cuerpos de inclusión, atrofia por denervación, y déficit de maltasa ácida del adulto. De nuevo, el conjunto de datos clínicos, junto a las alteraciones en las pruebas analíticas, estudios bioquímicos (cadena respiratoria mitocondrial y oxidación de los ácidos grasos) así como el estudio genético, permiten establecer el diagnóstico.

Son un grupo de enfermedades en las que existe un acúmulo anormal de glucógeno en distintos órganos y tejidos como consecuencia de un déficit enzimático en algún punto de su metabolismo intracelular. Se dividen en glucogenosis hepáticas y musculares según se altere el metabolismo hepático o muscular del glucógeno.

En la glucogenosis de tipo II existe un déficit de maltasa ácida o a -1,4-1,6-glucosidasa. Es la única glucogenosis lisosomal. Existen tres formas: infantil, juvenil y adulta. La primera, denominada enfermedad de Pompe, se presenta en los primeros meses de vida con hipotonía, debilidad muscular e insuficiencia respiratoria rápidamente progresiva que conduce a la muerte prematura del paciente. Existe depósito de glucógeno prácticamente en todos los tejidos, especialmente en el corazón, el cerebro y el músculo. En la forma juvenil y adulta la afectación se limita prácticamente al músculo estriado y suele presentarse como una debilidad de cinturas semejando una distrofia muscular o una polimiositis. En las formas adultas existe a veces una afectación selectiva o predominante en la musculatura respiratoria, por lo que no es raro que se presente en forma de insuficiencia respiratoria. Morfológicamente, en las formas infantiles existe una miopatía vacuolar muy severa, con depósitos que se tiñen con fosfatasa ácida como marcador lisosómico no específico así como con la tinción de PAS. En las formas juvenil y adulta, las alteraciones son mucho menos llamativas y consisten en la presencia de vacuolas que en ocasiones afectan únicamente a un escaso número de fibras musculares, así como degeneración granular basófila de algunas fibras. Ultraestructuralmente, el dato común a las tres formas y exclusivo de este tipo de  glucogenosis es la presencia de acúmulos de glucógeno en el interior de lisosomas, puesto que la maltasa ácida es una enzima lisosomal. Asimismo, también puede existir un aumento de glucógeno libre, además de cuerpos residuales y alteraciones mitocondriales.