En aquest apartat s'agrupen malalties musculars, la majoria d'elles hereditàries, amb un curs escassament o lentament progressiu. Clínicament poden presentar-se de manera similar, en forma d’hipotonia neonatal o  d’una debilitat muscular generalment proximal que afecta la cintura escapular i pelviana, encara que en altres ocasions és generalitzada. Algunes malalties, especialment la miopatia nemalínica, presenten trets dismòrfics associats d'intensitat variable. A pesar d'aquestes dades comunes, hem de ressaltar que, ocasionalment, no són congènites (des del punt de vista clínic), però de vegades poden ser molt greus i causen la mort del pacient en els primers mesos de vida. Des d'un punt de vista morfològic, cadascuna d'elles presenta unes característiques estructurals particulars, si bé en totes sol existir un predomini i una atròfia de fibres de tipus I.

Les zones centrals (“cores”) són zones cilíndriques situades en el centre (encara que també poden estar a la perifèria) de les fibres musculars en les quals no existeixen mitocòndries, per la qual cosa es detecten fàcilment quan s'utilitzen marcadors de l'activitat oxidant tals com el NADH, la SDH o COIX (fig. 45). Encara que, de forma menys cridanera, també són visibles amb el sistema tricromàtic (la tricromia / el tricoisme) de Gomori. En els talls transversals, aquestes estructures poden ser úniques i estar situades en el centre, o bé múltiples. Utilitzant una tècnica de ATPasa, aquests cossos poden manifestar-se o no. En els anomenats cossos estructurats es conserva l'activitat ATPasa, ja que l'estructura dels sarcòmers es conserva, encara que hi ha una certa pèrdua de la correspondència o desplaçament de les línies Z, que adopten una estructura en zig-zag. Per contra, en els cossos no estructurats hi ha una completa desorganització del patró miofibrilar, amb total destrucció de les bandes, per la qual cosa es perd l'activitat ATPasa. Els cossos centrals apareixen en les fibres de tipus I. Al costat d'aquestes alteracions, sol existir un predomini de fibres de tipus I que en alguns casos pot afectar el 100% de les fibres.

A la miopatia multifocal, hi ha múltiples àrees amb baixa densitat de mitocòndries que apareixen com a zones sense activitat oxidant, encara que més mal delimitades que en la malaltia anterior. És habitual el predomini i l’atròfia de fibres de tipus I, així com l'afectació selectiva d'aquest tipus de fibres, encara que poden també veure-s’hi afectades les fibres de tipus II.

Pot presentar-se en el període neonatal o en la primera infància, encara que també n’existeixen formes de l'adult. N’hi ha algunes d’herència autosòmica dominant i altres recessiva. És característica la presència d'uns bastons, d’1 a 5 mm de longitud, que semblen derivar de proteïnes associades a les bandes Z, principalment a l’actinina. Amb microscòpia òptica, els bastons són fàcilment reconeixibles en posició subsarcolèmmica quan s'utilitza un tenyiment del sistema tricromàtic (la tricromia / el tricoisme)  de Gomori, o bé mitjançant una tècnica d’immunohistoquímica utilitzant anticossos anti-a -actinina. Sol haver-hi, a més, predomini i atròfia de les fibres de tipus I. Poden trobar-se estructures similars als bastons en altres malalties musculars com distròfies musculars, miopaties inflamatòries, denervacions i també en una forma de miopatia que es presenta en pacients infectats pel virus de la immunodeficiència humana.

Hi ha tres formes clíniques de miopatia miotubular: una forma neonatal, amb herència lligada al sexe (Xq28), que comporta una alta mortalitat per insuficiència respiratòria; una forma infantil, amb herència autosòmica dominant o recessiva, i una forma adulta, esporàdica o d'herència autosòmica dominant. Tal com suggereix el nom, hi ha una elevada incidència de nuclis en posició central, molts d'ells amb aspecte semblant als miotubs que apareixen durant el desenvolupament. Mitjançant tècniques  d’immunohistoquímica, s'ha demostrat una persistència de proteïnes fetals del citoesquelet, com desmina i vimentina, que mantenen el nucli en posició central, cosa que suggereix una immaduresa o una aturada del procés de miogènesi com a origen de la malaltia. Hi ha un predomini marcat i una atròfia de les fibres de tipus I.

Sol presentar-se com una hipotonia neonatal i, en la meitat dels casos, es donen contractures articulars, de vegades en forma d’artrogriposi múltiple. El patró d'herència no és ben conegut, encara que se n’han descrit famílies amb patró autosòmic recessiu i d’altres amb patró autosòmic dominant. Hi ha un predomini de les fibres de tipus I, de diàmetre normal o discretament reduït i una hipertròfia de les fibres de tipus II, especialment IIb. La diferència dels diàmetres mitjans de les fibres de tipus I i II és superior al 12%.

Tal com s'ha esmentat anteriorment, aquestes alteracions morfològiques no són específiques ni suficients per a establir el diagnòstic d'una malaltia mitocondrial. La presència de fibres "vermelles trencades" al costat de les alteracions ultraestructurals esmentades solen aparèixer en alteracions de la cadena respiratòria mitocondrial, o de l'acoblament oxidació-fosforilació, però no en alteracions en les quals existeix una anomalia en la utilització dels substrats, com el dèficit de carnitina-palmitoïltransferasa. Per altra banda, poden aparèixer alteracions mitocondrials com les descrites (tan amb microscopia òptica com electrònica) en malalties tan diverses com distròfies musculars, miopatia facioescapulohumeral, polimiositis, dermatomiositis, miositis per cossos d'inclusió, atròfia per denervació i dèficit de maltasa àcida de l'adult. De nou el conjunt de dades clíniques, al costat de les alteracions en les proves analítiques, estudis bioquímics (cadena respiratòria mitocondrial i oxidació dels àcids grassos) així com l'estudi genètic, permeten establir el diagnòstic.

 La glucogenosi de tipus III (malaltia de Forbes-Cori) és deguda a un dèficit de l'enzim desramificant (amilo-1-6-glucosidasa). N’hi ha dues formes clíniques: hepàtica i muscular. Les formes musculars es presenten en pacients adults, alguns dels quals tenen antecedents de disfunció hepàtica en la infància. Presenten debilitat muscular i atròfia progressiva en els músculs distals, intolerància a l'exercici i, excepcionalment, episodis de mioglobinúria. En la meitat dels pacients es dóna una miocardiopatia. Les alteracions morfològiques en el múscul esquelètic consisteixen en la presència de vacuoles que contenen glucogen. Ultraestructuralment, s'observen acumulacions de glucogen lliure entre les miofibril·les. A la glucogenosi de tipus IV (malaltia d’Andersen) existeix un dèficit de l'enzim ramificant. És una malaltia rara, que sol presentar-se en els nens en forma de cirrosi hepàtica i afectació muscular, sovint emmascarada per la malaltia hepàtica. També n’hi ha formes juvenils, més benignes, que evolucionen amb una debilitat muscular lentament progressiva. L'aspecte morfològic més característic musculoesquelètic són les acumulacions de glucogen d'aspecte normal o formant estructures filamentoses i granulars. Finalment, a les glucogenosis de tipus V i VII, les alteracions morfològiques són similars i consisteixen en la presència d’acumulacions PAS positives per sota de la membrana. Clínicament solen manifestar-se com una intolerància a l'exercici, rampes i mioglobinúria. El dèficit de miofosforilasa (glucogenosi de tipus V, malaltia de McArdle) així com el dèficit de fosfofructocinasa (glucogenosi de tipus VII) es poden posar de manifest mitjançant una reacció histoquímica específica per a cadascuna d'elles, incubant sempre les mostres en músculs de pacients control. La demostració del defecte enzimàtic a la resta de glucogenosis ha de dur-se a terme mitjançant determinacions bioquímiques. Ultraestructuralment, la dada més cridanera en les glucogenosis no lisosòmiques és la presència d’acumulacions de glucogen lliure entre les miofibril·les.